En su inicio el CECs estaba formado por físicos teóricos y biólogos que habían establecido carreras académicas sólidas en el exterior, pero deseaban volver a Chile y causar un impacto a través de la ciencia. Pronto se llegó a la convicción de que tal impacto solo podría ser logrado mediante la fundación de lo que llegaría a ser la primera institución independiente de investigación científica en la historia del país. El centro comenzó con un proyecto de 3 años, con 150 mil dólares anuales, otorgado por la Fundación Tinker de Nueva York. Además de los fondos, su capital inicial fue la calidad científica excepcional de sus investigadores, su fuerte esprit de corps y su red de colaboraciones internacionales. En pocos años, funcionando en una casa arrendada, el centro se convirtió en un punto neurálgico para la ciencia de Chile y de Latinoamérica. Desde 1990, el centro comenzó además a jugar un papel importante en el servicio público, no solo diseñando nuevos programas científicos, como la Iniciativa Científica Milenio, sino también gestando y poniendo en práctica la idea de contribuir a la democracia, involucrando a la militares en ciencia y por esta vía, contactándolos con el mundo civil en un contexto no contaminado.